Aanvullend onderzoek in de havens van Nieuwpoort en Oostende legde bovendien grote verschillen bloot tussen de havens, gerelateerd aan verschillen in milieumaatregelen tussen onderhoudsplaatsen voor boten en schepen.
Jaarlijks wordt er 10 à 14 miljoen ton droge stof aan baggerslib gestort in zee. Dit slib komt voornamelijk van baggerwerken, nodig voor het onderhouden of uitdiepen van vaargeulen en havens, of voor de aanleg van nieuwe structuren in zee, rivieren of in en rond havens. Baggerslib kan rechtstreeks in zee worden gestort, maar daar zijn strikte kwaliteitscriteria aan verbonden. Bovendien is een nauwgezette opvolging van de biologische en chemische impact op het mariene milieu noodzakelijk. ILVO is reeds sinds 1979 betrokken bij het opmeten van de biologische en chemische impact van stortactiviteiten op zee. Halfjaarlijks wordt zowel de biodiversiteit als de chemische status van het marien milieu opgemeten op en rond baggerstortplaatsen. Op het Belgisch Continentaal Plat (BCP) bevinden zich 3 loswallen nabij Zeebrugge, 1 nabij Oostende en 1 nabij Nieuwpoort.
In de periode 2004 - 2014 bleken de concentraties aan Zn te verhogen op de loswallen Oostende (LOO) en Nieuwpoort (LNP), en de concentraties aan Cu namen toe op LOO. Beide loswallen werden nochtans minder intensief gebruikt dan de loswallen nabij Zeebrugge, en er wordt geen slib gestort afkomstig van de haven van Zeebrugge of de vaargeul naar de Schelde. De stijging kan een gevolg zijn van het gebruik van antifoulingverven, die worden aangebracht op schepen om algengroei tegen te gaan. Na de wereldwijde ban op het gebruik van het toxische tributyltin (2008), wordt de antifoulingmarkt gedomineerd door producten op basis van koper- en zinkoxides, vaak gecombineerd met “boosterbiocides” die ook Cu of Zn kunnen bevatten. Om na te gaan of deze verven verantwoordelijk konden zijn voor de stijgingen, werd aanvullend onderzoek uitgevoerd in de havens van Nieuwpoort en Oostende, waar het baggerslib van de loswallen LNP en LOO grotendeels vandaan komt. In Nieuwpoort werden geen locaties met verhoogde Cu- en Zn- concentraties waargenomen, maar in Oostende was dat wel het geval: er waren zones die tot 17 keer meer Cu en 4 keer meer Zn bevatten dan referentiezones. Deze vervuilde locaties in de haven van Oostende zijn verbonden aan actieve of historische onderhoudsplaatsen voor boten en een klein, historisch metaalbedrijf.
De vervuiling van de haven komt uiteindelijk, na baggerwerken, op een loswal in zee terecht. Ook vervuiling in niet-gebaggerde zones heeft door remobilisatie van zware metalen een impact op de gebaggerde zones. De omvang van de impact op baggerloswallen is evenwel niet exact te kwantificeren. In de haven van Nieuwpoort heeft iedere onderhouds- en herstelplaats voor boten en schepen tussen 2000 en 2010 strikte milieumaatregelen genomen, zoals het opvangen van spoelwater en verflekken. De volgende jaren zal blijken of deze maatregelen de trend van Cu- en Zn-concentraties op LNP kunnen ombuigen.