La préparation du riz se déroule de la manière suivante: le riz est d'abord cuit, puis refroidi, à la suite de quoi des ingrédients comme du saké, du vinaigre, du poivre et du sel sont ajoutés.
Les dangers microbiologiques les plus pertinents qui sont liés au riz préparé sont Bacillus cereus, Staphylococcus aureus, Listeria monocytogenes et Salmonella. Les sushis se composent de riz préparé auquel des ingrédients sont ajoutés tels que du saké, du poivre et du sel, et éventuellement d'autres ingrédients tels que du poisson/fruits de mer (crus), viande (crue), légumes, fruits tropicaux, oeufs cuits, algues marines, etc. Les dangers microbiologiques liés aux sushis peuvent être d’origine diverse.
Les principaux dangers microbiologiques liés aux sushis sont: Salmonella, E. coli pathogènes pour l'homme, Vibrio spp., Staphylococcus aureus, Listeria monocytogenes et Bacillus cereus. Le riz est souvent préparé à l’avance et est conservé à température ambiante. Le sushi est aussi souvent conservé à température ambiante. Cela soulève des questions concernant les risques pour la sécurité alimentaire.