Le contrôle de l’ensemble de la chaîne par un programme de monitoring global était prévu, de même que la nécessité de systèmes d’autocontrôle dont l’implémentation peut aussi être vérifiée par des tiers neutres. Les éléments de base de l’autocontrôle y étaient décrits : enregistrement des opérateurs, traçabilité, notification obligatoire et application de normes internationalement reconnues comme le système HACCP. La nécessité d’un système adapté pour les petits établissements était également déjà reconnue.
Le financement de l’AFSCA devait être budgétairement neutre, avec des contributions des secteurs au financement des activités de contrôle en fonction de leur risque. Les établissements qui avaient implémenté et qui maintenaient un système d’autocontrôle devaient recevoir un encouragement financier. Et il fallait faire un effort de collaboration avec les différentes parties prenantes.
La structure de l’AFSCA et l’intégration des différents services a été fixée dans les grandes lignes, en ce compris une cellule de crise, une cellule de communication et un point de contact.
Dans la phase initiale, l’AFSCA s’est focalisée sur le développement des nouvelles structures, sur l’intégration des divers services (provenant des Ministères de l’Agriculture et des Classes moyennes, de la Santé publique et de l’Institut d’Expertise vétérinaire, et ultérieurement des collaborateurs de l’ACSA) et sur l’élaboration d’une nouvelle politique de contrôle.
